Generálne riaditeľstvá
Pracovníci komisie pôsobia v rámci odborov, ktoré sú známe ako generálne riaditeľstvá (GR) a útvary. Každé generálne riaditeľstvo zodpovedá za konkrétnu oblasť politiky. Na jeho čele je generálny riaditeľ, ktorý zodpovedá jednému z komisárov. Celkovú koordináciu zabezpečuje generálny sekretariát. Na jeho čele je generálny tajomník, ktorý sa zodpovedá priamo predsedovi.
| AGRI | Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka | Agriculture and Rural Development |
| COMP | Hospodárska súťaž | Competition |
| ECFIN | Hospodárske a finančné záležitosti | Economic and Financial Affairs |
| EAC | Vzdelávanie a kultúra | Education and Culture |
| EMPL | Zamestnanosť, sociálne záležitosti a rovnaké príležitosti |
Employment, Social Affairs and Eaqual Opportunities |
| ENTR | Podnikanie a priemysel | Enterprise and Industry |
| ENV | Životné prostredie | Enviroment |
| FISH | Rybné hospodárstvo a námorné záležitosti |
Fisheries and Maritime Affairs |
| SANCO | Zdravie a ochrana spotrebiteľov | Health and Consumer Protection |
| INFSO | Informačná spoločnosť a médiá | Information Sociaty and Media |
| MARKT | Vnútorný trh a služby | Internal Market and Services |
| JRC | Spoločné výskumné stredisko | Joint Research Centre |
| JLS | Spravodlivosť, sloboda a bezpečnosť | Justice, Freedom and Security |
| REGIO | Regionálna politika | Regional Policy |
| RTD | Výskum | Research |
| TAXUD | Dane a colná únia | Taxation and Custom Union |
| TREN | Doprava a energetika | Transport and Energy |
Vonkajšie vzťahy
| DEV | Rozvoj | Development |
| ELARG | Rozšírenie | Enlargement |
| AIDCO | Europe-Aid - Európsky úrad pre spoluprácu |
Europe-Aid – Cooperation Office |
| RELEX | Vonkajšie vzťahy | External Relations |
| ECHO | Humanitárna pomoc | Humanitarian AID |
| TRADE | Obchod | Trade |
Všeobecné služby
| COMM | Komunikácia | Communication |
| OLAF | Európsky úrad pre boj proti korupcii | European Anti-Fraud Office |
| ESTAT | Eurostat – Európsky štatistický úrad | Eurostat |
| OPOCE | Úrad pre vydávanie úradných publikácií ES |
Publications Office |
Vnútorné služby
| BUDG | Rozpočet | Budget |
| BEPA | Úrad Európskych politických poradcov |
Bureau of European Policy Advisers |
| DIGIT | Informatika | Informatics |
| OIB | Infraštruktúra a logistika – Brusel | Infrastructures and Logistics - Brussels |
| OIL | Infraštruktúra a logistika – Luxemburg |
Infrastructures and Logistics - Luxembourg |
| IAS | Služba pre vnútorný audit | Internal Audit Service |
| SCIC | Preklady | Interpretation |
| SJ | Právny servis | Legal Services |
| ADMIN | Personál a administratíva | Personnel and Administration |
| DGT | Tlmočenie | Translation |